SEM用途广泛，用的最多的是研究各个领域中的各种样品的表面形貌，例如：生物学、植物学、古生物学、地质学、冶金学等等。可直接看到原始金属断口或磨损的表面，可以很方便地研究氧化表面，晶体的生长或腐蚀缺陷。可以直接地检查纸、纺织品、自然的或制备过的木头的细微结构。生物工作者可用它研究小的易碎样品的结构。例如：花粉颗粒，硅藻和昆虫。
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